Биостатистика, фармакокинетика и клинические исследования.
Часто возникает простая статистическая задача – есть две группы и надо выполнить анализ: проверить есть ли различия между изменением которые произошли от скрининга до какой-либо другой временной точки. Что для этого делается? Правильно! Если у нас “широкий” датасет, то просто вычисляем новую переменную типа P1 – P2 и считаем обычным GLM (или даже T-тестом, не…
ClinicalTrialUtilities – пакет для программной среды вычислений Julia. Цель разработки пакета – создание и объединение в одном пакете инструментов для планирования клинического исследования, а также для выполнения анализа результатов клинических исследований. В цели разработки пакета не входит создание полного статистического пакета для выполнения всех возможных статистических процедур, тем не менее в пакет включены функции, который…
Определение объема выборки – важный шаг планирования клинического исследования биоэквивалентности. Так как вариация исследуемого параметра является определяющим показателем для прогнозирования необходимого объема выборки, необходимо предусмотреть при планировании использование такой оценки, которая учитывает весь возможный (или как можно больший) объем данных о вариации.
Julia – развивающийся язык, но содержит достаточное количество инструментов что бы выполнять базовые статистические вычисления. Основные пакеты, которые представляют для нас интерес: DataFrames, GLM и CSV (разумеется MixedModel тоже интересен, но не для 2×2 биоэквивалентности). Простой концепт ниже позволяет получить оценку 90% доверительного интервала для исследования биоэквивалентности.
Julia — высокоуровневый высокопроизводительный свободный язык программирования с динамической типизацией, созданный коллективом авторов: Стефан Карпински, Джефф Безансон, Вирал Шах. 21 января 2019 был выпущен релиз 1.1.0, а предыдущая версия 1.0.3 – релиз с длительным периодом поддержки. В чем основное отличие от других средств разработки? Разумеется Julia содержит в комплекте поставки набор библиотек для выполнения операций…
Код для определения доверительных интервалов исследования биоэквивалентности для T-R контраста. С учетом структуры данных использована модель (ALL FIXED): Y = Subject(Sequence*Stage) + Period(Stage) + Formulation + Sequence + Sequence(Stage) + Stage Фактор: Formulation(Stage) – не включен. Альфа = 0.05 (должна быть переопределена в зависимости от использованного алгоритма). SPSS GLM: 123456789GLM LnVar BY Period Sequence Formulation…
Для расчета 90% доверительного интервала для разницы T/R в исследовании биоэквивалентности рекомендуется применение GLM (общая линейная модель): The Estimate statement in SAS PROC GLM, or equivalent statement in other software, should be used to obtain estimates for the adjusted differences between treatment means and the standard error associated with these differences. Необходимо учесть, что эта…
Ранее уже писал, что есть некоторое несоответствие SPSS и SAS по расчетам степеней свободы. Не могу точно сказать – какие причины приводят к различиям, но они есть. Для иллюстрации можно рассмотреть доступный датасет, который входит в состав Phoenix WinNonlin RAEBE Template – Example Data EMA 618604 2008 Rev 7.xls Выполним код SAS для этого датасета:
Ниже представлен код для IBM SPSS для расчета 90% доверительных интервалов исследования биоэквивалентности. Код соответствует референсному коду SAS при условии положительной матрицы Гессе. Т.к. FDA допускает использование COVTYPE – CSH (Heterogeneous Compound Symmetry), а FA0() в SPSS отсутствует, то используется именно этот тип. Надо отметить, что в SPSS при использовании GENLINMIXED структура CSH – недоступна,…
Сравнение пропорций является одним из основных методов описания данных и проверки статистических гипотез. И наиболее ценным является интервальная оценка методом построения доверительных интервалов. Гипотезы эффективности, не меньшей эффективности, эквивалентности могут быть проверены с помощью построения доверительных интервалов. Но если мы посмотрим на набор инструментов IBM SPSS, то нам может сперва стать немного дурно, так как…